.:Ciber·Cristal:.

La Asociación de Museos, Grupos y Colecciones de Mineralogía y Paleontología, AMYP, es una asociación sin ánimo de lucro que agrupa a entidades y particulares (Fundaciones, Museos, Departamentos Universitarios, Colegios, Grupos, etc.) que dispongan de colecciones o que se dediquen a la difusión de la Mineralogía y la Paleontología. Pretende dar a conocer al público en general, y particularmente a los responsables de la formación de los jóvenes, la existencia del rico patrimonio mineralógico y paleontológico español, así como ponerlos en contacto con los museos y grupos que se dedican a su descubrimiento y conservación.

Organiza reuniones anuales de sus socios desde el año de su fundación (1991) con el fin de: Promover el conocimiento y divulgación de la Mineralogía y la Paleontología en la sociedad, contribuir a la mejora de la didáctica de estas ciencias, facilitar la exposición y, en su caso, donación de colecciones privadas para beneficio público, colaborar con administraciones y empresas en la protección y conservación de yacimientos, o proponer criterios deontológicos de obtención, exposición y comercialización de muestras para tiendas, ferias y bolsas. Sin duda objetivos prioritarios que deben ser promovidos para proteger nuestro patrimonio natural.

AMYP publica una revista digital llamada BARITEL en la que pueden encontrarse, entre otras cosas, diferentes artículos, un dossier de prensa, noticias sobre congresos, reuniones y ferias, referencia a publicaciones, legislación relativa a su ámbito de interés, etc. Un punto de referencia de la Mineralogía y el coleccionismo en la red.

La Red, desde su aparición, es una herramienta insustituible para transmitir el conocimiento, poniendo a disposición de todos, de forma instantánea, gran cantidad de información. Pero hasta hace unos años, no existían instrumentos capaces de transformar Internet en algo dinámico e interactivo. La aparición del lenguaje de programación Java orientado a objetos, desarrollado por Sun Microsystems, ha permitido realizar aplicaciones que pueden ser ejecutadas en plataformas con distintas arquitecturas y sistemas operativos, siempre que éstos tengan instalada la denominada máquina virtual Java (se instala habitualmente junto con los navegadores). Esta característica ha abierto la posibilidad de transmitir por la red pequeñas aplicaciones interactivas, Applets, que pueden ser ejecutadas por los navegadores de forma remota. Mi primera aproximación a Java estuvo motivada por esta característica: las aplicaciones pueden transmitirse por la red y ser ejecutadas en cualquier ordenador. Pero, además, gracias a sus diversas librerías, Java permite realizar aplicaciones de un alto grado de interactividad, utilizando todo tipo de menús, representaciones tridimensionales de objetos, cálculos matemáticos, etc. Si a esto se suma el hecho de que su instalación y utilización no conlleva costes económicos, y que su mantenimiento y actualización por parte de Sun Microsystems es constante, el lenguaje de programación Java se erige como una herramienta ideal en el campo de la enseñanza interactiva de la Ciencia en general, y de la Cristalografía y la Mineralogía en particular. (more…)

Una herramienta que suele ser de gran ayuda es tener a mano una colección de enlaces relacionados con el tema que nos interesa. Es por ello que creo interesante abrir un par de secciones que recopilen las direcciones web de lugares dedicados a Cristalografía y Mineralogía.
Se podrá acceder a ellas desde el menú lateral. Pretendo que se actualicen de forma dinámica a medida que localice lugares que puedan ser interesantes para el estudio de estas materias o como fuente de referencia: recopilación de enlaces, cursos en la red, bases de datos, simulaciones, imágenes de calidad, etc.
Espero que estas listas de enlaces os sean útiles. Si conocéis lugares que merezcan la pena incluir, no dudéis en pasarme la información: CiberCristal[arroba]Gmail.com.

La Universidad Nacional de Educación a Distancia, UNED, posee una dilatada experiencia en impartir docencia en condiciones no presenciales. El amplio abanico de estudios que imparte incluye tanto titulaciones humanísticas como experimentales. El uso de las nuevas tecnologías de la información y la comunicación, TIC, impulsó hace unos años una verdadera revolución en los métodos y recursos docentes utilizados por la UNED, desarrollando herramientas tales como el espacio virtual CiberUNED, o la librería virtual LiberUNED. Uno de los frutos de esta adaptación ha sido la creación de un portal web de apoyo a la docencia dedicado a la enseñanza de la Cristalografía y la Mineralogía, denominado CristaMine (Dpto. de Ciencias Analíticas de la Facultad de Ciencias de la UNED). Este sitio está estructurado en seis secciones. Todas ellas incluyen gran cantidad de información sobre la materia que tratan, con una amplia utilización de ilustraciones, esquemas, simulaciones, explicaciones, referencias, enlaces relacionados… Sin duda, una herramienta muy útil para el aprendizaje no presencial de estas disciplinas.

Cursos disponibles:
.:C·C:. Introducción
.:C·C:. Curso de Cristalografía
.:C·C:. Curso de Cristalografía Óptica
.:C·C:. Curso de Mineralogía
.:C·C:. Curso de Mineralogía Descriptiva
.:C·C:. Curso de Gemología

El programa de libre distribución PowderCell2.3 para Windows (desarrollado por Werner Kraus y Gert Nolze, del Federal Institute for Materials Research and Testing BAM, Berlin) está pensado para la visualización y la manipulación de estructuras cristalinas, así como para realizar simultáneamente la simulación de su difractograma.

PowderCell es muy útil para ilustrar la relación que existe entre la estructura interna y el diagrama de difracción (de rayos X o de neutrones). Puede importar la información cristalográfica de una estructura contenida en un fichero, siempre que éste tenga el formato que exporta la base de datos de fases inorgánicas ICSD (*.txt) o el formato del programa de resolución y afinamiento de estructuras cristalinas SHELX (*.ins). El usuario también puede generar a mano un fichero *.cel conteniendo la información mínima requerida. Pero la opción más interesante y didáctica es construir el modelo estructural desde el principio, suministrando al programa los datos cristalográficos necesarios: parámetros de celda, grupo espacial y coordenadas atómicas (a través de la ventana Structure -> Edit initial data). El modelo del NaCl se introduce en 1 minuto.

Inmediatamente veremos en la pantalla la representación gráfica de la estructura, que podremos girar mediante clics del ratón. La opción de simular el diagrama de difracción a partir de los datos suministrados está activada por defecto, por lo que inmediatamente podremos ver el difractograma correspondiente. Si introducimos simultaneamente otra estructura también simulará su diagrama de difracción, y calculará el diagrama suma de los dos. De esta forma se pueden generar diagramas de difracción de mezclas de materiales cristalinos en diferentes proporciones, para analizar los cambios producidos en el diafractograma final. Todo esto, utilizando como radiación incidente rayos X o neutrones.

PowderCell permite realizar un estudio bastante completo de un modelo, ya que calcula los parámetros geométricos generales de la estructura (distancias y ángulos de enlace, ángulos de torsión interatómicos, etc) o de los átomos seleccionados con el ratón. Incluso, puede variarse interactivamente la disposición espacial o la naturaleza química de los átomos seleccionados en la estructura, y analizar los cambios que ello provocaría en el diagrama de difracción. Ideal para simular fenómenos tan importantes en Mineralogía como el Polimorfismo y el Isomorfismo.

Enlaces relacionados
.:C·C:. Sitio principal y descarga del programa [en]
.:C·C:. Centro de ayuda y tutorías [en]
.:C·C:. Demostración del funcionamiento básico del programa (*) [en]
.:C·C:. Cómo trabajar con el programa en Wine/Linux (*) [en]
.:C·C:. Análisis de LeBail del perfil completo de un diagrama de difracción con restricción de celda elemental (*) [en]
(*) Sitios mantenidos por CCP14, Collaborative Computational Project Number 14: for Single Crystal and Powder Diffraction (Freely Available Crystallographic Software for Students and Academia).

Nota
La calidad de las representaciones estructurales generadas por PowderCell no es la de las imágenes aquí reproducidas. Éstas han sido generadas por los autores del programa utilizando POV-Ray, a partir de un fichero *.pov exportado por PowderCell.

Una fuente de modelos estructurales de minerales es la base de datos THE AMERICAN MINERALOGIST CRYSTAL STRUCTURE DATABASE. En ella se recogen las coordenadas atómicas de las estructuras de los minerales que se publican en la revista American Mineralogist, publicada por la Mineralogical Society of America.

Mediante un formulario sencillo y claro pueden realizarse búsquedas a partir del nombre de un mineral, su composición química, sus parámetros de celda o la simetría de su estructura. Como resultado se obtiene el conjunto de coordenadas atómicas y parámetros cristalográficos de todas las entradas de minerales que concuerden con los criterios de búsqueda. La información se puede obtener en formato estandard cif (Crystallographyc Information File) o en formato amc (propio de la base de datos). Incluso, algunas entradas disponen de la posibilidad de descargar la publicación original en formato pdf.

Tras descargar el fichero con los datos cristalográficos del mineral que nos interesa, podemos representarlo en nuestro ordenados. El formato cif puede ser importado por diversos programas de dibujo de estructuras cristalinas y cálculos cristalográficos. Por ejemplo, el programa de libre distribución Mercury desarrollado por el CCDC (Cambridge Crystallographyc Data Center). Otra posibilidad es utilizar el programa XtalDraw, que lee la información en formato amc. Permite dibujar las estructuras cristalinas con poliedros de coordicación y simular los diagramas de difracción de rayos X en muestra policristalina. Ambos programas son fáciles de instalar y de utilizar.